運行コース
変わってしまった友と、自分の非力さを痛感したナルトは、再び修行に入る。そこでカカシは、螺旋丸以上の物凄い術をナルトに授けようと特訓させる。
新たなる刺客
ナルト達が木ノ葉の里に帰還してまもなく、雲隠れの里に新たな暁のメンバーの飛段と角都が現れ、二尾の化け猫（猫又）を宿した人柱力・二位ユギトを倒し、拘束する。そのまま、彼らは次なるノルマの達成のため、火の国に侵入し、高名な忍寺“火の寺”を襲撃。“守護忍十二士”の一人、地陸を倒す。また、他国においてはデイダラと新たに暁のメンバーとなったトビがコンビを組み、三尾の大亀（磯撫）の捕獲に成功する。
暁が着実にその目的を達成していく中、飛段と角都が火の国に侵入したことを知った五代目火影は、新編成した二十小隊の精鋭達に彼らの抹殺を命じる。しかし、交戦した上忍猿飛アスマは、彼らの術の前に敗れ還らぬ人となる。
師の敵を討つべく、
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のメンバーは、アスマの代役のはたけカカシと共に再戦。彼らの連携に苦戦を強いられるが、シカマルは命がけの策で飛段をバラバラにして生き埋めにし、ヤマトを筆頭とする仮の第七班として参戦したナルトは修行で習得した、螺旋丸に風の性質変化を組み合わせた“風遁・螺旋手裏剣”を使用し角都を戦闘不能にして、カカシが雷切でとどめを刺す。
大蛇丸との決別
飛段と角都との交戦が終わった頃、サスケは大蛇丸の下で修行を重ねていた。しかし、自身が「大蛇丸を越えた」と確信したサスケはついに大蛇丸に凶刃を晒すのであった。大蛇丸の体内で大蛇丸を取り込んだサスケは囚われていた水月を引き連れ、残りの香燐、重吾を仲間に加え、小隊を「蛇」とした。
それぞれの捜索
木ノ葉と小隊「蛇」はそれぞれイタチの捜索を開始する。ヤマトの小隊はカブトと戦闘に陥るが、取り逃がしてしまう。水月、香燐、重吾が別行動をしている間、サスケはデイダラとトビの襲撃に遭うも、デイダラを自爆に追い込んだ。暁は四尾を鬼鮫一人で仕留め、目標へと着実に近づいていく。
小隊「蛇」は木の葉の追跡から逃げ、サスケは（分身の）イタチと遭遇したことでうちはのアジトへ向かうも、水月、香燐、重吾は鬼鮫のせいで足止めを食らう。
その頃、自来也は暁のリーダー格の情報を得るため、単独で雨隠れの里へ侵入したが、小南とペインに発見され戦闘に突入。だが、戦闘の末にペインに殺害され、木の葉に二度と帰ってくることはなかった。
ナルトが小隊「蛇」を見つけるも、イタチの分身に遭遇する。その後は木ノ葉がうちはマダラ（トビ）のせいで足止めを食らう。サスケはイタチと戦闘を始め、苦戦するも勝利。その後はマダラから、うちは一族が抹殺された日の真実を知ることとなった。
各国と暁の動向
万華鏡写輪眼を手に入れたサスケは水月、香燐、重吾と合流し、小隊を「鷹」に変えて暁と手を組む。
その頃、木ノ葉では自来也の戦死がフカサクから伝えられ、ナルトはフカサクのいる妙木山で修行を行う。
小隊「鷹」は雲隠れの里へ向かい、八尾の人柱力を宿すキラービーと戦闘し、水月、香燐、重吾に助けられながらもサスケは天照で生け捕りにし、マダラに渡した。このことは雲隠れにも知られ、小隊「鷹」は雲隠れに追われる身となった。
この作品の舞台となるのは近世の日本をベースに、現代文化をミックスした架空の世界である。後述の忍者の位置付けと共に既存のニンジャ･アクションを彷彿とさせる世界観を構成している。
言語は、ほぼ現代語と同等の日本語が用いられ、時代劇のような表現はあまりない。衣服は、近世に見られるような着物が基本。名前のある
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は、和装からジャージ、タイツ、チャイナ服、洋服までさまざま。通貨の単位は両。
忍術が機械の役割を果たしている（例えば消防には水遁が用いられる）ため、機械文明はさほど発達していないが、蒸気機械や電気機器はあるようだ。
NARUTOにおける忍者
この作品は、忍術が一種の超能力として描かれている。忍者という設定や
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の位置づけが、バトル漫画としての味付け程度でしかないといった点で純粋な忍者漫画であるとは言えない。忍者自体もどちらかと言うと傭兵に近い位置付けで扱われている。しかしながら、作者が海外物のエンターテインメント作品に見られるニンジャ・アクションを意識しているとも考えられ、実際に「自己主張の強い『ニンジャ』たちが派手な技でバトルする」という娯楽性重視の世界観が作品に魅力を与えているともいえる。
「忍者」の神秘性を分かりやすくデフォルメしたこの作品は、海外において、日本国内では後塵を拝している『ONE PIECE』以上の人気を博している。
忍者は、各国にある隠れ里に属している。隠れ里は依頼を受け、忍者を派遣する。依頼内容には難易度別にランクがあり、内容によって派遣される忍者のレベルが変わる。忍者は通常数名でチームを組み、派遣される。
ナルトの世界では、主に忍者同士の戦いが描かれ、それ以外の者（侍、武士などの武道家）との戦いは、ほとんど描かれていない。国というものは存在しているが、隠れ里以外で国が持つ軍隊などの戦力は描かれていない。
隠れ里は、ひとつの国にひとつあり、それぞれ国全体を勢力圏としている。そのため、国の力というのはその国の隠れ里の力に大きく依存している。
隠れ里同士はかつては大戦に見舞われたが、第一部開始時点では表面的には友好関係を保っている。戦争時には国は里に頼るしかないが、平和な時代が訪れたため里の力は小さな里から順に弱まり始めている。
火の国、水の国、雷の国、風の国、土の国の5つの国は特に大きな力を持ち五大国と呼ばれる。五つ国の里の長（火影、水影、雷影、風影、土影）は「五影」と呼ばれ、全世界何万の忍者の頂点に君臨する存在である。
隠れ里では、忍者だけではなく、多くの一般人も住んでおり、商売をするなどして暮らしている。
火の国（木ノ葉隠れの里）
ナルトやカカシの所属する木ノ葉隠れの里を持つ。五大国中、最強の里である。地形的には森林の描写が多い。砂隠れの里とは同盟関係にある。
木ノ葉の隠れ里の長「火影」は、第一部開始時は三代目・猿飛ヒルゼン。四代目は、九尾を封印した際に既に死んでいる。第一部途中に三代目が四代目と同じ術を使い、大蛇丸の術を封印し、死んだ。そして五代目には綱手が就任している。
砂隠れの里を持つ国。地形的には砂漠が多い。砂隠れの里は木ノ葉隠れの里と同盟を結んでおり、中忍試験を共同で行っている。
風の国の大名は、軍縮の方針を打ち出し、他国の隠れ里に依頼するなど自国の里の力を重視していないため、力は衰えつつある。そのため、大蛇丸の計画に乗り木ノ葉崩しに参加するも、その後は再び同盟状態に戻っている。
砂隠れの里の長「風影」は、第一部開始時四代目。「木ノ葉崩し」の際に大蛇丸に暗殺されていた。第二部開始時には我愛羅が五代目に就任している。
水の国（霧隠れの里）
「水影」を長とする霧隠れの里を持つ島国。作品の舞台としては未登場。かつては血霧の里と呼ばれ、その当時のアカデミー卒業試験は生徒同士が殺し合いをするという過酷なものだったが、ある事件を期に改変を余儀なくされた。また、内乱が多発した政情不安定な土地柄ゆえか、血継限界の血族はその力を恐れられ迫害される傾向にある。