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外科婦長に就任するも尾崎が沢田と離婚、新しい外科部長に永島淳平が登場する。また、大島が外科主任に就任する。さらに工藤幸子を除いて新たな大島取り巻きトリオのナースに金田由香、堀内良恵が登場。いずみは今回も指導係を担当するが、前回の赤木まどかと180度違う優秀な河合ひろみの指導に、別な意味で苦労する。しかし一度辞めた河合を連れ戻すなど、少しずつ信頼関係が生まれてくる。また尾崎と永島の間にも恋が。
いずみと高杉は高杉の母の看病のため若葉会を去り、母親の故郷に診療所を開業する。
最終回スペシャルは2002年9月24日の21:00?23:08の放送予定だったが、読売ジャイアンツのセ・リーグ優勝決定試合が2時間30分にも及ぶ大幅な延長のために、23:30?25:38の深夜にずれ込む異常事態になった。深夜放映ながらも14.9%の高い視聴率を獲得するも、この処置によって14,000件もの
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がフジテレビに殺到した。フジテレビは「延長しなかったらもっと苦情が来る」と正当性を主張したが、結局、低年齢の視聴者のことなどを踏まえ、関東地区では、土曜日である9月28日の昼の時間帯に最終回スペシャルの再放送をする措置をとった（その他の地区でも同時刻の再放送、もしくは後日再放送を行った）。この再放送も13.6%の視聴率を獲得した（関東地区）。
原作は室町時代後期から戦国時代前期を舞台にしていたが本作は架空の異世界を舞台にし、所々に現代的なアイテム、英語などが盛り込まれ、ジャパニーズ・ファンタジーとも言うべき内容となっている。興行収入34億円と、大ヒットとなったため平野隆プロデューサーは、「日本でもエンターテインメントが成立するということを証明できたと思う」と語った[1]。 前記でも述べたように興行で大ヒットとなり、『2』『3』の続編製作が決定とアナウンスされる。スポーツ報知によると、総製作費は第1作の20億円を上回り、第2、3作を合わせて計60億円となるという。 また、第2作は2009年公開を目指し作業中だという。また手塚作品で初のPG-12指定を受けている。
ストーリー
はるか昔か、遠い未来か定かではない時代。
とある街の酒場で、踊り子に化けた魔物と戦う青年百鬼丸（妻夫木聡）を目撃したコソ泥どろろ（柴咲コウ）。百鬼丸は身体の四十八ヶ所を魔物に奪われており、その欠けた箇所を義肢で補っていた。通りすがりの琵琶法師から百鬼丸の身の上話を聞いたどろろは、その左腕に仕込まれた魔物を爆発蒸散させることのできる妖刀に興味を持ち、付きまとうようになる。初めは鬱陶しがっていた百鬼丸だが、時を重ねていくうちにしだいに心を開き、共に魔物を倒し、元の身体を取り戻すための旅をする。
旅をしていく中で深まる二人の絆と、次々と明らかになってゆく百鬼丸の過去。 どろろの両親の仇、醍醐景光とは何者か。 何故百鬼丸は身体の四十八ヶ所を奪われたのか、百鬼丸の本当の両親は誰なのか。 その謎が明かされたとき、物語は大きく動き出す…
原作では室町時代が舞台だが、映画版では「賢帝歴3048年」という架空の異世界が舞台となっており、過去なのか未来なのかわからないという設定である。
原作では百鬼丸は14歳ぐらいだが、映画版では20歳前後。どろろも原作では小学生くらいの子供だが、映画版では百鬼丸とほぼ同年代と思われる。
百鬼丸とどろろが初めて会うのは、原作では橋桁の上でどろろが苛められてるのを百鬼丸が見かけたと言う物だが、
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では酒場に偶然逃げ込んだどろろが百鬼丸の戦いの一部始終を見かけたというものになっている。
原作では2人の名前は最初からついていたが、映画版では名を聞かれた百鬼丸が、決まった名はないとしながら過去の字を連ねたとき、どろろが彼を「
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」と決め、また自分の名前に「どろろ」を盗んだ（もらった）ことになっている。
原作では寿海が百鬼丸のために作った体は主に木や陶器で作られているが、映画では作った工程はエレキテルを使用するなど、オリジナルとなっている（原作では自分の意志で動かすことはできず、腕に限っては肩の筋肉で若干動かすことができる）。また、原作ではどうかは不明だが、映画版では作った体と元の体がぴったり一体化している。
寿海の自宅は、原作では現存してると思われるが、映画版では、体を作る行程が景光に渡るのを恐れた寿海が死に際に、家ごと燃やすように百鬼丸に頼み、寿海の死後に百鬼丸の手で支柱のみを残して燃やされた。
原作では最後まで生きている人物が映画では最終的に
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したという例もある。
どろろの父親の死は原作では胴体を一突きにされてだが、映画では矢が何本も刺さっている。
マイマイオンバを除く魔物は映画のオリジナルキャラであり、そのマイマイオンバも羽のデザインが原作と少々異なっている上、連れ子の幼虫も全く別物になっている。
原作では腰刀でも何でも魔物を倒せたが、映画版では左腕の妖刀「百鬼丸」でしか倒せなかった。また原作では左腕の妖刀には名前がついておらず、寿海が若かりしころ与えられたものという設定だが、映画版では「百鬼丸」と名づけられており(刀にも刻まれている)、琵琶法師のものということになっている（その際、「百鬼丸」を琵琶に偽装していた）。
原作では醍醐景光はまだ一国の領主ではなく、富樫という主君も存在するが、
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版では成り上がって城を治めている。
四化入道のデザインと役割が大きく変更されている。
原作ではどろろは武器を持っていないが、映画版では小刀を所持している。
百鬼丸の体のまだ魔物から戻っていない部分に限り、原作には無い再生能力がある。
原作では最終的にどろろと百鬼丸はバラバラで行動してしまっているが、映画版ではいまのところ一緒に旅をしている。また、原作では百鬼丸は多宝丸および景光と対峙が残ったままだったが、映画版では悲しいところもあるものの、最終的にわかり合うことが出来た。
長靴をはいた猫（ながぐつをはいたねこ、仏語:Le Chat botte）はヨーロッパに伝わる民話。1697年に出版された、シャルル・ペローによる『寓意のある昔話、またはコント集?がちょうおばさんの話』 Histoires ou contes du temps passe.Avec de moralites : Contes de ma mere l'Oye. に収録されたものが有名。これ以前のものでは、1634年に出版された、ジャンバティスタ・バジーレによる Lo cunto de li cunti overo lo trattenemiento de peccerille（物語の物語、または小さき者たちのための楽しみ）に収められている。グリム童話にも初稿でDer gestiefelte Kater(靴はき猫)というタイトルで収録されていた。日本では1969年にアニメ化されている。
シチリア島では、ほぼ同じ物語で狐が主人公となった「ジョヴァンヌッツァ狐」 La volpe Giovannuzza という物語が伝わっている
ある粉引き職人が死に、3人の息子にはそれぞれ粉引き小屋、ロバ、猫が遺産として分けられた。三男が「猫を食べてしまったら、後は何もなくなってしまう」と嘆いていると、猫が「あなたがもらったものは、そんなに悪いもんでもないですよ。まず、私に長靴と袋を下さい。」と言った。そして、猫はウサギを捕まえ、王様に「カラバ侯爵からの贈り物です」と言ってウサギを献上する。
それを繰り返して王様と猫が親しくなった頃、猫は三男にある場所で水浴びをさせる。そこに王様と姫が通りがかり、猫はその前に出て「大変です、カラバ侯爵が水浴びをしている最中に泥棒に持ち物を取られてしまいました」と嘘をつく。そうして、三男と王様を引き合わせ、「カラバ侯爵の居城」に王様を招待することになる。
猫が馬車を先導することになり、道で百姓に会うたびに「ここは誰の土地かと聞かれたら、『カラバ侯爵様の土地です』と言え。でないと、細切れにされてしまうぞ」と言う。本当は人食い鬼の土地だったが、百姓は王様に訪ねられると「カラバ侯爵様の土地です」と答える。そして、王様は「カラバ侯爵」の領地の広さに感心する。
そして、ある豪奢な城に着く。これは人食い鬼の城だったが、猫は人食い鬼をだまして鼠に姿を変えさせ、捕まえて食べてしまう。そうして城を奪い、王様が着くと「カラバ侯爵の城にようこそ！」と迎える。王様は「カラバ侯爵」に感心し、婿になってくれないか、という。「カラバ侯爵」はその申し出を受けてその日のうちに姫と結婚し、猫も貴族となって遊びでしか鼠を捕まえなくなった。